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Nombre organización: LincBiotech.
Otras organizaciones participantes: CESGA.
Sector industrial: Biotecnología, Farmacéutica, Ciencias de la vida.
Figura 1. Representación esquemática del constructo mAb-LYTAC. El NCC CESGA, con tecnología HPC, ayudó a potenciar la etapa de descubrimiento en el diseño racional.
El proyecto tenía como objetivo explorar los mecanismos moleculares subyacentes al diseño de LYTAC (Quimeras Dirigidas a Lisosomas), una nueva modalidad para la degradación dirigida de proteínas. El principal reto fue el coste computacional del proyecto de investigación, que implicaba simular sistemas receptor-ligando de gran tamaño a resolución atomística. Los recursos locales fueron insuficientes para modelar las complejas interacciones péptido-glicano-proteína necesarias para la fase inicial de diseño.
A través del acceso a los recursos de HPC de CESGA proporcionados por EuroCC2, pudimos configurar y ejecutar simulaciones iniciales de dinámica molecular de bloques de construcción de LYTAC de candidatos potentes. Aunque todavía no logramos ejecuciones de producción, estos cálculos preliminares nos permitieron validar protocolos, optimizar la preparación del sistema y probar los parámetros de simulación en la fase de descubrimiento de fármacos. La colaboración proporcionó una base fundamental para estudios más exigentes, que no habrían sido posibles únicamente con infraestructura propia.
Sin acceso a CESGA, no habríamos podido iniciar estudios de dinámica molecular sobre el diseño de LYTAC, ya que los recursos informáticos locales están limitados a modelos biomoleculares más pequeños. Gracias a EuroCC2, pudimos avanzar un paso más: probando el ensamblaje del sistema, la equilibración y las comprobaciones de estabilidad de los conjugados péptido-enlazador-anticuerpo unidos a receptores. Este trabajo inicial validó la viabilidad y sentó las bases para futuras simulaciones a escala de producción, que serán esenciales para orientar racionalmente el diseño experimental.
LincBiotech es una spin-off nacida del Hospital Clínico Universitario de Santiago de Compostela. Desarrolla herramientas avanzadas de imagen médica y terapias innovadoras para enfermedades no tratables. Dentro de ella, está investigando la creación de una plataforma para la degradación dirigida de proteínas, lo que permite un descubrimiento de fármacos versátil y rentable, con aplicaciones que van desde trastornos neurovasculares hasta inflamatorios.
