Nombre organización: LincBiotech.
Otras organizaciones participantes: Red Española de Supercomputación (RES), Centro de Supercomputación de Galicia (CESGA) y EuroCC Spain.
Área: Industria.
El proyecto se centró en explorar los mecanismos moleculares que sustentan el diseño de LYTAC (Lysosome-Targeting Chimeras), una nueva estrategia para la degradación selectiva de proteínas.
El principal desafío fue el alto coste computacional asociado a la simulación de sistemas receptor–ligando de gran tamaño con resolución atomística. Los recursos locales no eran suficientes para modelar las complejas interacciones entre péptidos, glicanos y proteínas requeridas en las primeras fases del diseño molecular.
Gracias al acceso a los recursos de supercomputación del CESGA, proporcionado a través de EuroCC2, el equipo pudo configurar y ejecutar simulaciones iniciales de dinámica molecular (MD) sobre posibles componentes estructurales de LYTAC.
Aunque aún no se alcanzó la fase de producción, estos cálculos preliminares permitieron:
Validar los protocolos de simulación.
Optimizar la preparación de los sistemas.
Probar parámetros clave en la fase de descubrimiento de fármacos.
La colaboración proporcionó una base sólida para futuros estudios más exigentes, que no habrían sido posibles con la infraestructura local.
Ejecución de las primeras simulaciones de dinámica molecular de complejos anticuerpo/péptido–proteína.
Evaluación de la estabilidad del sistema e identificación de patrones clave de interacción.
Exploración de la dinámica conformacional de los diseños candidatos.
Establecimiento de protocolos para el diseño racional de fármacos.
LincBiotech es una spin-off del Hospital Clínico Universitario de Santiago de Compostela dedicada al desarrollo de herramientas avanzadas de imagen médica y terapias innovadoras para enfermedades sin tratamiento eficaz.
Actualmente, investiga una plataforma de degradación selectiva de proteínas que permitirá un descubrimiento de fármacos más versátil y rentable, con aplicaciones en trastornos neurovasculares e inflamatorios.
