Organizado por SCAYLE y la Universidad de León
julio 08 @ 08:00 – julio 12 @ 14:00
– Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).
– Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.
– Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.
– Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.
Resultados: Con este curso se pretende que los asistentes tengan la capacidad de analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq mediante el uso de la supercomputación. En el curso se trabajará con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.
Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación: Inauguración del Curso
09:00 – 10:00 Introducción acceso a Caléndula.
– Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).
– Infraestructuras de SCAYLE.
– Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.
– Estado actual de la Supercomputación.
– Acceso remoto a Caléndula.
– Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.
10:00 – 11:00 Introducción al entorno Linux.
– Carpetas y ficheros.
– Permisos.
– Comandos básicos
– Prácticas sobre Caléndula.
11:00 – 11:20 PAUSA.
11:20 – 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación).
14:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación).
09:00 – 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación.
11:15 – 11:45 PAUSA.
11:45 – 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) – Beatriz Gutiérrez Gil.
14:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV).
09:00 – 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools).
11:15 – 11:45 PAUSA.
11:45 – 14:00 Transcript assembly (Stringtie).
1 4:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq).
09:00 – 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto.
11:15 – 11:45 PAUSA.
11:45 – 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq.
14:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq:
-Programas en R: Práctica con DESeq2.
09:00 – 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales.
09:55 – 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO).
10:50 – 11:05 PAUSA.
11:05 – 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional.
12:00 – 12:55 Redes funcionales.
12:55 – 13:00 Clausura del curso.
El proyecto EuroCC ha recibido financiación de la Empresa Común Europea de Informática de Alto Rendimiento (European High-Performance Computing Joint Undertaking- EuroHPC-JU) en virtud del acuerdo de subvención No 101101903. La EuroHPC-JU recibe apoyo del programa de investigación e innovación Horizonte 2020 de la Unión Europea y de Alemania, Bulgaria, Austria, Croacia, Chipre, Dinamarca, Eslovenia, España, Estonia, Finlandia, Grecia, Hungría, Irlanda, Italia, Lituania, Letonia, Polonia, Portugal, República Checa, Rumania, Suecia, Reino Unido, Francia, Países Bajos, Bélgica, Luxemburgo, Eslovaquia, Noruega, Suiza, Turquía, República de Macedonia del Norte, Islandia y Montenegro.
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