Nombre organización: Universitat Politècnica de Catalunya (UPC).
Otras organizaciones participantes: Red Española de Supercomputación (RES), Barcelona Supercomputing Center (BSC) y EuroCC Spain.
Área: Academia.
La proteína MYC es un regulador maestro del crecimiento celular, la proliferación y el metabolismo. Su sobreexpresión o desregulación está asociada a numerosos tipos de cáncer, incluidos mama, colon, pulmón y cánceres hematológicos.
A pesar de su papel oncológico bien establecido, MYC ha sido históricamente considerada una proteína “indruggable” (difícil de atacar con fármacos) debido a su naturaleza intrínsecamente desordenada, lo que la diferencia de las dianas clásicas de diseño de fármacos.
Este proyecto se planteó como reto:
Capturar y caracterizar las conformaciones estables de MYC en estado libre.
Abrir nuevas posibilidades para el diseño racional de terapias anticancerígenas basadas en su estructura.
El equipo liderado por Jordi Martí Rabassa utilizó el superordenador MareNostrum5Acc del Barcelona Supercomputing Center para realizar simulaciones avanzadas de dinámica molecular:
3000 nanosegundos de Dinámica Molecular (MD).
5000 nanosegundos de Metadinámica Bien Templada (WTM).
Estas simulaciones de la proteína MYC en solución permitieron:
Identificar la conformación plegada más estable de MYC en su estado no ligado.
Superar el reto de estudiar una proteína desordenada, capturando una estructura 3D estable sin necesidad de interacciones con MAX o con ADN.
Actualmente, el equipo está extendiendo el estudio a simulaciones de los complejos MYC–MAX y MYC–MAX–ADN.
Los resultados proporcionaron por primera vez una estructura tridimensional estable de MYC en estado libre, lo que representa un avance crucial hacia el diseño de inhibidores dirigidos a esta proteína.
Entre los beneficios destacan:
La posibilidad de identificar bolsillos de unión persistentes y farmacológicamente explotables.
Un recurso valioso para las comunidades de química computacional y química medicinal.
Un paso fundacional hacia el diseño racional de terapias contra el cáncer dirigidas a una proteína clave pero difícil de abordar.
Una demostración del poder de la computación de alto rendimiento (HPC) para resolver sistemas biológicos complejos y resistentes a la farmacología tradicional.
La Universitat Politècnica de Catalunya (UPC), a través del grupo de investigación de Jordi Martí, es referente en el uso de simulaciones computacionales para el estudio de biosistemas y procesos biomoleculares con aplicaciones médicas.
Gracias a la colaboración con la RES, el Barcelona Supercomputing Center y EuroCC Spain, han demostrado cómo la combinación de simulación a gran escala y modelado estructural puede abrir nuevas fronteras en la investigación contra el cáncer.
