Organizado por SCAYLE y la Universidad de León
julio 08 @ 08:00 – julio 12 @ 14:00
– Capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).
– Manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.
– Conocimiento de una pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.
– Interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.
Resultados: Con este curso se pretende que los asistentes tengan la capacidad de analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq mediante el uso de la supercomputación. En el curso se trabajará con datos reales de expresión génica en los que se realizará: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.
Al finalizar el curso, se llevará a cabo una prueba de carácter teórico-práctico con objeto de valorar los conocimientos adquiridos por los alumnos.
Recepción de Alumnos y Entrega de Documentación: Inauguración del Curso
09:00 – 10:00 Introducción acceso a Caléndula.
– Descripción técnica de los recursos de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE).
– Infraestructuras de SCAYLE.
– Configuración del superordenador de SCAYLE, Caléndula.
– Estado actual de la Supercomputación.
– Acceso remoto a Caléndula.
– Entorno de usuario: Utilización del gestor de colas y envío de trabajos.
10:00 – 11:00 Introducción al entorno Linux.
– Carpetas y ficheros.
– Permisos.
– Comandos básicos
– Prácticas sobre Caléndula.
11:00 – 11:20 PAUSA.
11:20 – 14:00 Introducción al entorno Linux (Continuación).
14:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Introducción al entorno Linux (Continuación).
09:00 – 11:15 NGS y RNA-Seq Supercomputación.
11:15 – 11:45 PAUSA.
11:45 – 14:00 Control de Calidad y Trimming (FAstQC, otras herramientas Trimmomatic, etcF.) – Beatriz Gutiérrez Gil.
14:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Alineamiento de lecturas (Star) y visualización (IGV).
09:00 – 11:15 Manipulación de secuencias (SamTools).
11:15 – 11:45 PAUSA.
11:45 – 14:00 Transcript assembly (Stringtie).
1 4:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Cuantificación de lecturas (RSEM y HTSeq).
09:00 – 11:15 Introducción a R y Bioconductor. Toma de contacto.
11:15 – 11:45 PAUSA.
11:45 – 14:00 Análisis de expresión diferencial de RNAseq.
14:00 – 15:30 DESCANSO.
15:30 – 18:30 Análisis de expresión diferencial de RNAseq:
-Programas en R: Práctica con DESeq2.
09:00 – 09:55 Introducción a las anotaciones funcionales.
09:55 – 10:50 Bases de datos y ontologías para anotación funcional (KEGG, GO, INTERPRO).
10:50 – 11:05 PAUSA.
11:05 – 12:00 Análisis de enriquecimiento funcional.
12:00 – 12:55 Redes funcionales.
12:55 – 13:00 Clausura del curso.
EuroCC 2 and EuoCC4SEE have received funding from the European High-Performance Computing Joint Undertaking (JU) under grant agreement No 101101903 and No 101191697. The JU receives support from the European Union’s Digital Europe Programme and Germany, Bulgaria, Austria, Croatia, Cyprus, Czech Republic, Denmark, Estonia, Finland, Greece, Hungary, Ireland, Italy, Lithuania, Latvia, Poland, Portugal, Romania, Slovenia, Spain, Sweden, France, Netherlands, Belgium, Luxembourg, Slovakia, Norway, Türkiye, Republic of North Macedonia, Iceland, Montenegro, Serbia, Bosnia and Herzegovina.
EuroCC Spain
Edificio CRAI-TIC, Campus de Vegazana s/n.
Universidad de León, España
Tel. (+34) 987 293 160
mail: eurocc@res.es
Copyright © 2021 EuroCC. Todos los derechos reservados.
Avisos
