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Como ya viene siendo frecuente en los últimos años, nuestro socio el Centro de Supercomputación de Castilla y León (SCAYLE), en colaboración con la Universidad de León, ha celebrado la 7ª edición del Curso práctico de iniciación al uso de la supercomputación aplicado al análisis de datos RNA-seq.
El curso desarrollado de forma presencial en las instalaciones de SCAYLE (en León) durante 5 días, del lunes 8 al viernes 12 de julio, tiene como principal objetivo proporcionar una formación básica para el manejo e interpretación de datos de expresión génica global procedentes de Next Generation Sequencing (RNA-Seq) mediante el uso de la supercomputación. Para ello, además de explicar las bases teóricas de la generación de los datos y del proceso de análisis, se trabajó con datos reales de expresión génica en los que se realizó: el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.
La formación se encuentra principalmente dirigida a investigadores interesados en estudios genómicos, a profesionales del sector de las Ciencias Computacionales, Biología y/o Biotecnología relacionados con el diagnóstico genético y a alumnos universitarios (titulaciones técnicas del ámbito experimental y/o económico) de posgrado, pero también a cualquier persona afín a la temática tanto en la dimensión de la investigación, como de la innovación y el desarrollo.
Entre el personal que ha participado en la impartición de la actividad formativa, se ha contado con la participación de personal perteneciente al profesorado y equipo de investigadores de la facultad de Veterinaria de la Universidad de León, así como de personal técnico de SCAYLE.
Durante estos cinco días de formación, los asistentes han podido adquirir numerosas competencias tales como:
– La capacidad de establecer un diseño experimental para el análisis de expresión génica diferencial utilizando datos del transcriptoma completo mediante técnicas NGS (RNA-Seq).
– El manejo de software libre para el análisis de RNA-Seq.
– El conocimiento de un pipeline de análisis de expresión diferencial en experimentos que utilizan RNA-seq.
– La interpretación y representación de los resultados de expresión diferencial.
Consiguiendo que, tras la misma, todos los asistentes tengan la capacidad de analizar e interpretar datos de experimentos RNA-seq. mediante el empleo de la supercomputación, trabajando con datos reales de expresión génica y realizando el control de calidad, el alineamiento frente al genoma de referencia, ensamblado, cuantificación y normalización de la expresión génica, análisis de expresión diferencial y análisis de enriquecimiento funcional.
Se prevé una nueva edición del curso antes de que finalice este año, por lo que, para aquellos que no hayan podido asistir, tendrán oportunidad de hacerlo en próximas ocasiones.
